El desarrollo de la pesca y el interés por las capturas llevaron a crear piscifactorías destinadas a la cría de diferentes salmónidos para la repoblación de ríos, torrentes y lagos de montaña. Entre las especies criadas o utilizadas históricamente en los Pirineos se encuentran la trucha común (Salmo trutta), la trucha arcoíris (Oncorhynchus mykiss), el salvelino de arroyo (Salvelinus fontinalis), el salvelino alpino (Salvelinus alpinus) y la trucha lacustre (Salvelinus namaycush).
Con el tiempo, los objetivos de la piscicultura han evolucionado. Además de producir peces para la pesca recreativa, los programas actuales pueden tener en cuenta la conservación de determinadas poblaciones, el origen de los reproductores y la diversidad genética de las líneas utilizadas.
La piscifactoría de Cauterets tiene una larga historia. Creada inicialmente como establecimiento privado a finales del siglo XIX, fue destruida por un alud y posteriormente pasó bajo la gestión de los servicios públicos. En 1936 dependía de Aguas y Bosques, antes de pasar a otros servicios de la Administración. Desde 2008, la piscifactoría pertenece a la Federación de Pesca de los Altos Pirineos.
Según el historial publicado sobre este establecimiento, los primeros cristivómeros —la trucha lacustre norteamericana (Salvelinus namaycush)— fueron introducidos en los Pirineos a mediados del siglo XX, bajo la dirección de P. Chimits.
La piscifactoría de Cauterets también tuvo una función que superaba el ámbito pirenaico: se produjeron allí peces destinados a diferentes territorios, entre ellos las islas Kerguelen. Su vocación principal era, sin embargo, la producción de salmónidos destinados a la repoblación de los lagos y torrentes pirenaicos.
La piscicultura de Cauterets participó también en programas relacionados con el salmón atlántico (Salmo salar). El objetivo era favorecer el retorno de esta especie a la cuenca del Adur, y especialmente al Gave de Pau.
Los esguines son los juveniles de salmón que viven en los ríos antes de su migración hacia el mar. En los documentos antiguos de esta página aparece a veces el término francés tacon, que corresponde al nombre utilizado en francés para este estadio juvenil.
Los antiguos datos de esta página mencionaban la liberación de unos 500.000 juveniles de salmón al año desde 2005. Esta cifra debe considerarse como un dato histórico del programa y no como una producción anual actual, salvo confirmación por una fuente reciente.
La piscifactoría de Oô, situada en el valle de Luchon, se dedicó a la cría de truchas destinadas tanto al consumo como a diferentes circuitos de comercialización. La información histórica publicada en esta página mencionaba una producción de alrededor de 20 toneladas anuales y la venta de truchas evisceradas, filetes, truchas ahumadas y terrinas.
Estas cifras y estos canales de comercialización corresponden a la información disponible en el momento de la publicación original y no deben interpretarse automáticamente como datos actuales.
En Sahorre, en los Pirineos Orientales, la piscicultura estuvo vinculada a la producción de truchas destinadas a la repoblación de los cursos de agua de la región.
La información histórica de esta página mencionaba dos líneas locales de reproductores: una de trucha arcoíris, procedente de la zona de las Bouillouses, y otra de trucha común, procedente de la Carança.
En el caso de la trucha común, la conservación de poblaciones locales y la elección del origen de los reproductores son cuestiones importantes. La expresión antigua «raza endémica» o «valle no contaminado genéticamente» resulta demasiado simplista desde el punto de vista actual: las poblaciones de peces pueden presentar una historia genética compleja y la gestión de los reproductores debe tener en cuenta su origen y su diversidad genética.
La trucha arcoíris, por su parte, es una especie originaria de América del Norte que fue introducida en los Pirineos. Una población local o una línea mantenida durante mucho tiempo en una piscifactoría no debe por ello calificarse de «endémica» en el sentido biogeográfico del término.
La piscicultura desempeña un papel importante en la gestión de las poblaciones de peces, pero una repoblación no consiste simplemente en introducir un gran número de peces en un río o en un lago. El origen de los reproductores, la diversidad genética, la adaptación de las poblaciones al medio y el objetivo del programa son elementos que deben tenerse en cuenta.
En la actualidad, los programas de selección y conservación de los recursos genéticos de los salmónidos prestan una atención especial a estos aspectos. La producción piscícola puede así responder a objetivos diferentes: producción para el consumo, apoyo a la pesca recreativa, repoblación o conservación de determinados recursos généticos.